Goodwin dilahirkan Memphis, Tennessee.[3] Ibunya, Linda (née Kantor), ialah bekas pendidik dan ibu tinggal di rumah yang kemudiannya bekerja untuk FedEx dan Apple.[4] Bapanya, Tim Goodwin, yang sebelum ini memiliki dan mengendalikan sebuah studio rakaman.[5] Goodwin menukar namanya dari "Jennifer" kepada "Ginnifer" untuk membezakan namanya, dan untuk membantu sebutan namanya dalam dialek serantaunya.[6] Adik perempuannya, Melissa Goodwin, adalah animator gerakan berhenti di dalam rancangan seperti Robot Chicken, di mana Ginnifer juga muncul sebagai bakat suara.

Bapanya beragama Kristian, keturunan Inggeris dan saudara jauh dari keluarga diraja British. Ginnifer adalah sepupu ke-11 kepada Diana, Puteri Wales dan sepupu ke-12 kepada Putera William dan Harry.[petikan diperlukan] Ibu Ginnifer adalah keturunan Yahudi Ashkenazi. Goodwin diasuh menghadiri sinagog pada hari Sabtu dan jemaat Unitarian pada hari Ahad.[5][7] Beliau dibaptis dan mempunyai perkhidmatan mitzvah kelawar.[8] Pada masa mudanya, Goodwin telah bergabung dengan Persekutuan Pemuda Tempatan Amerika Utara, dan aktif di BBYO di Pusat Komuniti Yahudi di Memphis.[9] Beliau pergi ke sekolah di Sekolah Episcopal St. Mary di Memphis, Tennessee. Beliau kemudiannya lulus dari Lausanne Collegiate School pada tahun 1996, kemudian menghadiri Kolej Hanover (jurusan Teater) selama satu tahun sebelum berpindah untuk mendapatkan Sarjana Muda Seni Halus dari Universiti Boston. Semasa seorang pelajar di BU, beliau beraksi dalam banyak filem pendek pelajar, serta beberapa penerbitan pentas kolej dan pentas tempatan. Goodwin diberikan "Anugerah dalam Bidang Lakonan: Anugerah Janji Profesional" oleh Yayasan Bette Davis, dan lulus dengan penghormatan. Selepas zamannya di Universiti Boston, beliau belajar di England di Institut Shakespeare Stratford Upon-Avon, bersempena dengan Syarikat Shakespeare Diraja. Pada tahun berikutnya beliau memperoleh "Sijil Pemangku Shakespeare" di Akademi Dramatik Diraja London.[petikan diperlukan]